L'entreprise familiale Maerki Baumann & Co. AG a été fondée en 1932 par Friedrich Maerki et Georg Braun sous le nom de Börsenbank Maerki, Braun & Co., pour laquelle une licence leur est accordée le 15 février 1932. Quelques mois plus tard, Georg Braun décède d'une crise cardiaque.

Le juriste Conrad Baumann est devenu le nouveau partenaire de Friedrich Maerki. La banque s'appelait désormais Maerki, Baumann & Co. Après le décès de Conrad Baumann en 1947, sa veuve et cohéritière Lotte Baumann-Heberlein est entrée dans l'entreprise en tant que directrice et première femme. Elle fit venir d'autres investisseurs et le capital doubla. Environ deux ans plus tard, la banque est devenue une société anonyme et s'est appelée Maerki Baumann & Co. AG. En 1970, l'entrepreneur zurichois Hans A. Syz a succédé au fondateur Friedrich Maerki en tant que directeur et délégué du conseil d'administration.

Aujourd'hui, Maerki Baumann est entre les mains de la deuxième génération de la famille Syz, le fils Hans G. Syz-Witmer et sa sœur Carole Schmied-Syz. Les deux frères et sœurs siègent au conseil d'administration, respectivement en tant que président et vice-président. La direction, présidée par Stephan A. Zwahlen, gère les affaires opérationnelles.